魔法科高校の劣等生　夜の帳に闇は閃く

　2097年8月、世界に衝撃が走った。ひとりの魔法師が大国に対抗する実力を示したのだ。
　その魔法師の名は司波達也、「触れてはならない者たち」と恐れられる四葉家の一員にして、当時まだ18歳の高校生であった。
　この事件を契機に、彼は世界から恐れられ、現状の世界体制の維持を願う者たちから密かにその命を狙われる存在となる。
　2099年の春、魔法大学に黒羽亜夜子と文弥の双子が入学する。
　新たな大学生活、そしてなにより上京することで四葉家の諜報部門を担う黒羽家の一員として敬愛する達也の力になれることを楽しみにしていた。
　だが、そんな亜夜子と文弥に達也のことを狙う海外マフィアの影が忍び寄り――。